כמוסד חינוכי שהוביל שינוי חוצה־ארגון בתהליך החינוכי, אפקה מעוניינת ליצור חיבורים ושיתופי פעולה עם מערכת החינוך ולחלוק מניסיונה. בשל כך, אפקה מארחת ימי עיון ומפגשים מקצועיים שמקיימת מערכת החינוך או מתארחת בהם. לאורך השנים, חלק נשיא אפקה פרופ' עמי מויאל את חזונו בעניין המבט ההוליסטי על החינוך ל־STEM לאורך הרצף החינוכי בישראל עם אלפי נציגים ומקבלי החלטות מגופים בשלבי הרצף השונים.