העולם משתנה – כדי להקנות למהנדסות ומהנדסים בעתיד מיומנויות וכלים להתמודד עם הטכנולוגיות המתפתחות בקצב מואץ, מתבקשת גם חדשנות בפדגוגיה.
במציאות של המאה העשרים ואחת כבר אי אפשר להסתפק בישיבה פסיבית מול מרצה במשך שעות על גבי שעות, סיכום ושינון של החומר. באפקה אנו מאמינים בהוראה תוך כדי עשייה ובלמידה שהיא חוויה. לכן שמנו לנו למטרה להנחיל לכל סטודנט וסטודנטית את הכישורים החיוניים הנדרשים להמשך דרכם כמהנדסות ומהנדסים באמצעות קורסי הלימוד.

בקורסים השונים באפקה נכללות יוזמות אקדמיות מקוריות, כגון קורס השיט. הקורס מתקיים לקראת הקיץ ומקנה נקודות זכות כמו כל קורס אחר. במקביל ללימוד חומר הנדסי ולצבירת חוויות הוא נועד להקנות מיומנויות כמו גמישות מחשבתית ויכולת אלתור, פתרון בעיות ועבודת צוות, המאפשרות למהנדסות ולמהנדסים לעתיד לחתור למצוינות במים ומחוץ להם. דוגמה נוספת היא סמינר אנרגיות מתחדשות, המתקיים סמוך ללוחות הסולריים במתחם אילת-אילות.
לכל אלה מצטרפים בתוכנית הלימודים ביקורים תדירים בגופי התעשייה: חברות וארגונים מהגדולים במשק, בתי חולים, סטרטאפים ועוד; שיתופי פעולה; לימודים במתכונת של "כיתה הפוכה; כתיבת תרגילים בידי הסטודנטים עצמם; שיעורים במתכונת PBL (Project-Based Learning) ו"פרויקט מתגלגל" –פרויקט שבו סטודנטים נכנסים האחד בנעלי חברו ומשמשים חוליות ברצף הפרויקט.

במהלך הלימודים מתקיימות בקמפוס פעילויות רבות המאפשרות לסטודנטים לצבור ניסיון אמיתי ולגבש "תיק עבודות" שאיתו יצאו לשוק התעסוקה. אחת מהן היא האפקתון, שנערך במרכז לחדשנות ויזמות באפקה – מרתון יוזמות שנמשך 24 שעות, ושנועד לפתח פתרונות להעשרת חוויות הלמידה, ההוראה וחיי הקמפוס. דוגמה נוספת היא פרויקטים המשלבים עשייה בקהילה, כמו הפרויקט שהתקיים בקורס תכנות למכטרוניקה, פרויקט שבמסגרתו פותחה תוכנה עבור בית לוינשטיין שבו משתקמים פצועי צה"ל.