הנדסת מערכות נדרשת בכל מגזרי התעשייה הגדולים המייצרים מוצרים או מעניקים שירותים רב-מערכתיים, בהם מערכת הביטחון, תעשיית ההיי-טק, תשתיות, כלכלה, רפואה, תחבורה ועוד. למעשה, מוצרים ושירותים רבים מתפתחים במהירות רבה, ובמוקדם או במאוחר הופכים לרב־מערכתיים; לכן הביקוש למהנדסות ומהנדסי מערכות, הרב ממילא, נמצא בעלייה מתמדת בשני העשורים האחרונים.

הנדסת מערכות היא מהמקצועות היוקרתיים והמוערכים בשוק העבודה; היא מקנה שכר גבוה, ביטחון תעסוקתי ושפע של הזדמנויות להתפתחות מקצועית. לימודי התואר השני בהנדסת מערכות במכללת אפקה פותחים בפני הבוגרים והבוגרות אפשרויות להשתלב בארגונים העוסקים בייצור מוצרים או בהספקת שירותים רב-מערכתיים במגזרי הביטחון, התשתיות, הפיננסים, הרפואה, התחבורה ועוד, בתפקידי מפתח בתחומי מחקר, תכנון, פיתוח וניהול מערכות, ניהול פרויקטים מורכבים, פתרון אתגרים מערכתיים בהיבטים טכנולוגיים, תכנוניים וניהוליים, הובלה ובניהול של תהליכים טכנולוגיים ועוד.