בשתי ההתמחויות הנלמדות באפקה במסגרת לימודי תואר ראשון בהנדסה רפואית, משולבים קורסים מתחום ההנדסה הקלינית המקנים כלים לניהול מערכות טכנו־רפואיות, לתכנון ובקרה של ניסויים קליניים, ידע בניהול לוגיסטי של פיתוח מוצר חדש ועוד.
לימודי ההנדסה הקלינית הם חדשניים, ייחודיים ועונים על צורכי התעשייה הרפואית להובלת מוצר מִשְלב היזמות ועד הכנסתו לשוק, בניהול רגולציה, בתקנים ובמחקרים קליניים.
השלמת הקורסים מקנה תעודה נוספת בסיום התואר – בוגרי החטיבה הקלינית.

תעודה הנדרשת במקומות תעסוקה רבים בתחום ומצריכה השלמת לימודים נוספת במידה ולא נעשית במהלך התואר.