סמינר מדעי היסוד, עוסק בתחומי המתמטיקה העיונית והשימושית, הפיסיקה והכימיה. במסגרת הסמינר מתארחים מרצים מאוניברסיטאות בישראל, שמציגים את התוצאות העדכניות של עבודת המחקר שלהם. בין המרצים האורחים: פרופ' זאב שוס, ד"ר עדי דיטקובסקי וד"ר אלזה פרחי מאוניברסיטת תל-אביב וכן ד"ר אדוארד גיבלברג, שהציג את תוצאות מחקרו במסגרת לימודי הדוקטורט ב- NYU.  כמו כן הרצו בסמינר מרצים מ"אפקה" ביניהם פרופ' יוני סטאנצ'סקו, פרופ' דליה פישלוב, פרופ' יצחק גולדמן וד"ר ולדימיר בר-לוקיאנוב. מפגשים אלו תורמים להכרת מחקרים של חברי סגל "אפקה" ולהכרת נושאי מחקר עדכניים.